Je hebt de motor recentelijk aangeschaft bij MotoPort in Assen, me dunkt dat je zeker aanspraak kunt maken op hun garantie.
Ik zou zeggen neem contact met hen op, vriendelijk doch wel zakelijk & vastberaden, en vraag om een oplossing.
Het probleem is niet belangrijk, de oplossing daarentegen wel.
Dit soort situaties kunnen voor komen en zijn niet altijd te voorkomen.
Wat betreft de stekker, normaal gesproken hoort er geen stekkers "zo maar" los te hangen.
Er zijn wel een aantal stekkers in de draadboom van de 1200RT voor optionele accessoires, maar die zitten meestal dan wel professioneel opgeknoopt aan het chassis & tupperware.
Tip: Als je vragen stelt over waar een stekker voor dient, is het handig om ook de kleuren van de draden te vermelden.

Dan kan ik het proberen op te zoeken in het Haynes boek.
Ik zie, zo te zien, de kleuren "Rode draad met wit", "Bruine draad" en iets wat lijkt "Blauwe draad"
En die laatste zal waarschijnlijk "blauwe draad met bruin" zijn, en dan vermoed ik dat het de, volgens het Haynes boek (pagina 7-48, rechts-bovenaan) de "optional extras socket" is.
Het kán zijn dat er iets van optioneel extra op jou 1200RT gezeten heeft en dat weer is uitgebouwd. Het kan ook zijn dat die stekker bij een eerder onderhoud of reparatie niet goed is vastgezet c.q weggewerkt.
Ikzelf zou dan via de "bekende" VIN-decoder (
http://www.bmwarchiv.de/vin/bmw-vin-decoder.html) nazien welke opties fabrieks-af op jou 1200RT gemonteerd zaten en vergelijken wat er nu op jou motor zit.
Denk hierbij aan mogelijk de cruise-control, maar dat is een ongefundeerde gok van mijn kant.